Efter samtidig analys av patientens symtom och läkarens klinisk bedömning går man vidare för att fastställa diagnosen. Med hjälp av olika instrumentarier inspekterar man tjocktarmens slemhinna och dokumenterar förekomst av inflammation och dess grad. I samband med tarm undersökning tar man vävnads prov som ska undersökas under mikroskop. I de flesta fall går det att ställa diagnosen på inflammatoriska tarmsjukdomar säkert och att skilja Ulcerös kolit från Crohns sjukdom brukar ej ge stora svårigheter. Men i ca. 10 utav 100 fall är det omöjligt att skilja Ulcerös kolit från Crohns sjukdom.